Wie Open Science Forschern helfen kann, sich auf die nächste Pandemie vorzubereiten
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NVIDIA hat sich mit Google DeepMind und dem Europäischen Institut für Bioinformatik der European Molecular Biology Laboratory (EMBL) zusammengetan, um einen offenen Datensatz mit vorhergesagten 3D-Strukturen von viralen Proteinkomplexen aus über 2.800 Viren zu veröffentlichen. Diese Initiative zielt darauf ab, Wissenschaftler auf zukünftige Pandemien vorzubereiten, indem sie wichtige Strukturdaten bereitstellt, die während früherer Ausbrüche nicht verfügbar waren. Die Vorhersagen wurden mit AlphaFold2 erstellt und durch den NVIDIA BioNeMo Inference Runtime optimiert, was eine schnelle Skalierung über Tausende von viralen Proteomen ermöglicht. Etwa 30 % der enthaltenen Proteininteraktionen sind der Wissenschaft völlig neu und bieten neue Einblicke für die Impfstoff- und Arzneimittelentwicklung. Durch die kostenlose Zugänglichkeit dieser Daten über die AlphaFold-Datenbank können Forscher zeitaufwändige traditionelle Kristallisationsmethoden umgehen und die Hypothesengenerierung beschleunigen. Die Zusammenarbeit umfasst auch die Veröffentlichung des GPU-beschleunigten BioNeMo Structure Prediction Pipeline, damit andere Wissenschaftler Strukturen für ihre eigenen Zielmoleküle vorhersagen können. Diese Bemühungen unterstützen die globale Pandemiebereitschaft, insbesondere in ressourcenarmen Settings, und adressieren die geschätzte Wahrscheinlichkeit von 50 %, dass bis 2050 eine schwere Pandemie auftreten wird.
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