Cómo la ciencia abierta puede ayudar a los investigadores a prepararse para la próxima pandemia
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NVIDIA se ha asociado con Google DeepMind y el Instituto Europeo de Bioinformática del Laboratorio Europeo de Biología Molecular para publicar un conjunto de datos abierto que contiene estructuras tridimensionales predichas de complejos proteicos virales procedentes de más de 2.800 virus. Esta iniciativa tiene como objetivo preparar a los científicos para futuras pandemias proporcionando datos estructurales cruciales que no estuvieron disponibles durante brotes anteriores. Las predicciones se generaron utilizando AlphaFold2, optimizado con el tiempo de ejecución de inferencia NVIDIA BioNeMo, lo que permite una escalabilidad rápida en miles de proteomas virales. Aproximadamente el 30% de las interacciones proteicas incluidas son completamente nuevas para la ciencia, ofreciendo perspectivas novedosas para el desarrollo de vacunas y fármacos. Al hacer estos datos accesibles gratuitamente a través de la Base de Datos AlphaFold, los investigadores pueden evitar los métodos tradicionales de cristalización, que consumen mucho tiempo, y acelerar la generación de hipótesis. La colaboración también implica la publicación de la Pipeline de Predicción de Estructuras BioNeMo acelerada por GPU, para que otros científicos puedan predecir estructuras para sus propios objetivos. Este esfuerzo apoya la preparación global ante pandemias, ayudando particularmente a entornos con pocos recursos y abordando la estimación de que existe un 50% de probabilidad de que ocurra una pandemia grave para 2050.
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