Comment la science ouverte peut aider les chercheurs à se préparer à la prochaine pandémie
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NVIDIA s'est associé à Google DeepMind et à l'European Bioinformatics Institute du European Molecular Biology Laboratory pour publier un jeu de données ouvert contenant des structures 3D prédites de complexes protéiques viraux issus de plus de 2 800 virus. Cette initiative vise à préparer les scientifiques aux futures pandémies en fournissant des données structurelles cruciales qui n'étaient pas disponibles lors des épidémies précédentes. Les prédictions ont été générées à l'aide d'AlphaFold2, optimisé avec le NVIDIA BioNeMo Inference Runtime, permettant une mise à l'échelle rapide sur des milliers de protéomes viraux. Environ 30 % des interactions protéiques incluses sont entièrement nouvelles pour la science, offrant des perspectives novatrices pour le développement de vaccins et de médicaments. En rendant ces données librement accessibles via la base de données AlphaFold, les chercheurs peuvent éviter les méthodes traditionnelles de cristallisation chronophages et accélérer la formulation d'hypothèses. La collaboration prévoit également la publication du pipeline GPU-accelerated BioNeMo Structure Prediction Pipeline afin que d'autres scientifiques puissent prédire les structures de leurs propres cibles. Cet effort soutient la préparation mondiale aux pandémies, aidant particulièrement les contextes à ressources limitées et répondant à l'estimation selon laquelle il y a 50 % de chances qu'une pandémie sévère se produise d'ici 2050.
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